Το σύστημα αυτό θα πρέπει να εξασφαλίζει την ασφαλή λειτουργία του συστήματος (system security), την τήρηση του επιπέδου και των κανονισμών ασφάλειας (safety) και τον έγκαιρο εντοπισμό ή/και την αποφυγή κυβενοεπιθέσεων (cyber attacks), αστοχιών (failures) και περιβαλλοντικών απειλών, καθώς και την αποδοτική λειτουργία μέσω της επίτευξης υψηλού επιπέδου αυτοματοποίησης, αξιοπιστίας και προστασίας δεδομένων.
Στο πλαίσιο του CoDrones θα αναπτυχθούν κατάλληλες τεχνικές συνεργασίας για τη διατήρηση σχηματισμών των ΣμηΕΑ με σκοπό την αποφυγή συγκρούσεων και τη συνεργασία μεταξύ των μονάδων. Οι αλγόριθμοι αυτοί θα επιτρέπουν στα ΣμηΕΑ να προσαρμόζουν τις κινήσεις τους ανάλογα με τις μεταβαλλόμενες συνθήκες και απαιτήσεις της αποστολής. Επιπλέον θα αναπτυχθούν μηχανισμοί για την ανάθεση εργασιών σε κάθε μονάδα του σμήνους, λαμβάνοντας υπόψη τις διάφορες μεταβλητές, τις δυνατότητες και τους περιορισμούς του κάθε αεροσκάφους.